Südwestlich von den Arzneigärten liegt das Phylogenetische System. Auf einer Fläche von 0,76 Hektar werden jährlich zwischen 1500 und 2500 Arten nach dem System ihrer natürlichen Verwandtschaft angepflanzt. Damit lassen sich die stammesgeschichtlichen Verbindungen innerhalb der höheren Pflanzen erkennen. Die Notwendigkeit der Einteilung von Pflanzenarten zu systematischen Gruppen ergibt sich aus der hohen Anzahl von Arten (derzeit sind mehr als 250 000 Arten von Samenpflanzen bekannt). Dabei wird die Einteilung vorwiegend nach der allgemeinen Ähnlichkeit vorgenommen. Dies wird "natürliches System" genannt und spiegelt zugleich die stammesgeschichtliche oder phylogenetische Verwandtschaft wider: Man fasst Pflanzenarten zu Gattungen zusammen und diese wiederum zu Familien. Das Hauptkriterium dafür ist der Aufbau der Blüte. Die Anlage der Beete erfolgte in den 1970-er Jahren und gibt das zur damaligen Zeit gültige System wider. Durch grundlegende neue Erkenntnisse sind seit den letzten 5-10 Jahren Familien neu gefasst worden und dies können wir zur Zeit nur ungenau wiedergeben. Weitere Informationen finden Sie unter: https://gaerten.uni-hohenheim.de/bg_system